Физиология микроорганизмов традиционно рассматривается в качестве одного из разделов микробиологии. Фундаментальные труды в этой области, последние из которых созданы почти 40 лет назад, включают такие рубрики, как химические составы, физико-химические свойства, метаболизм, дыхание, размножение и рост микроорганизмов. В последние десятилетия основные усилия ученых в этих областях были связаны с расшифровкой молекулярно-генетических механизмов, лежащих в основе функционирования микробных клеток. В то же время накопившиеся научные данные в смежных областях биологической науки настоятельно диктуют необходимость нового осмысления и систематизации результатов изучения процессов жизнедеятельности всех видов живых существ на общих интегративных физиологических принципах. К настоящему времени убедительно доказано, что существование высших организмов невозможно без постоянного взаимодействия с миром микробов и, следовательно, физиология человека, животных или растений неразрывно связана с физиологическими процессами населяющих их микроорганизмов. В работе рассматриваются основные актуальные проблемы современной физиологии микроорганизмов и подчеркивается необходимость выделения этой отрасли знаний в самостоятельный раздел физиологии.