Субъекты Российской Федерации активно включились в цифровизацию экономики регионов. В статье акцентировано внимание на цифровой трансформации стратегического управления развитием региональной пространственно-отраслевой структуры как ключевого фактора цифровизации экономики. Рассмотрены организационно-экономические инструменты в качестве основы цифровой трансформации стратегического управления. Предложены методика оценки исходного уровня стратегического управления развитием региональной пространственно-отраслевой структуры и поэтапная блок-схема цифровой трансформации стратегического управления. Результаты проведенного исследования, предложенные положения могут быть использованы регионами при цифровизации экономики.