В статье рассматривается существующая система оценки эффективности научных организаций. В качестве дополнительного инструмента предлагается использование наукометрического анализа на основании «Методики оценки развития междисциплинарных исследований и деятельности научных организаций», разработанной в ЦНБ УрО РАН. Предполагаемый результат анализа – информационно-аналитический продукт как источник объективной информации для эффективного управления и принятия решений руководством. В исследовании поднимается проблема научных коммуникаций между организациями и, как следствие, отсутствия единой системы проведения наукометрических исследований на примере УрО РАН. Дана оценка результатам анализа организаций Уральского федерального округа (УрФО), проведённого с применением разработанной методики. Выявлены достоинства и недостатки методики, а также факторы, влияющие на результат. Предложены две модели наукометрического анализа деятельности организаций, сформулированы условия для их реализации. Te article examines the existing system for assessing the efectiveness of scientifc organizations. As an additional tool, it is proposed to use scientometric analysis based on the “Methodology for assessing the development of interdisciplinary research and the activities of scientifc organizations” developed at the Central Scientifc Library of the Ural Branch of the Russian Academy of Sciences. Te expected result of the analysis is an information and analytical product as a source of objective information for effective management and decision-making by management. The study raises the problem of scientifc communications between organizations, and, as a consequence, the lack of a unifed system for conducting scientometric research on the example of the Ural Branch of the Russian Academy of Sciences. Te paper assesses the results of the analysis of the organizations of the Ural Federal District (UFD), carried out using the developed methodology. Te advantages and disadvantages of the method are revealed, as well as factors infuencing the result. Two models of scientometric analysis of organizations’ activity are proposed, conditions for their implementation are formulated.