В работе рассмотрены теоретические аспекты изучения проблем эффективности системы налогообложения и оценки ее влияния на уровень экономической безопасности региона. Рассмотрена основная угроза экономической безопасности со стороны несбалансированности системы налогообложения - теневой сектор экономики. Проанализированы подходы к оценке эффективности налогообложения и методы оценки потерь бюджетов от неоптимального налогообложения. Предложенные методики апробированы на примере субъектов Российской Федерации, входящих в состав Уральского федерального округа. Предложена концепция совершенствования системы налогообложения с целью повышения экономической безопасности территории.