В статье изложены основные положения методического подхода к оценке генетического профиля индустриально-экономического развития регионов и их схожести. Представлена структура генетического профиля региона, со-стоящая из определяющих и динамических кодов. Обосновано применение в качестве основного математического аппарата исследования модели случайных процессов с дискретными состояниями (цепи Маркова). Поскольку данный методический аппарат является вероятностной моделью, рассчитаны вероятности наступления дефектных состояний региональной экономической системы, описываемой динамическими кодами. Проведена апробация разработанной методики на примере регионов, входящих в Уральский экономический район, которая показала схожесть генетического профиля у двух пар регионов. Показано, что другие регионы, входящие в Уральский экономический район, несмотря на определенную историческую, географическую и климатическую общность, не имеют схожести генетических профилей, а, следовательно, требуют индивидуального подхода при разработке мер государственного регулирования развития.