Выделены и обобщены вопросы методологии междисциплинарных территориальных исследований, проводимых в 2008-2013 гг. по совместному плану НИР Института экономики УрО РАН и ЧелГУ. Доказана необходимость разработки теоретико-методологических основ междисциплинарных исследований территориальных социоэколого-экономических систем, обеспечивающих жизнедеятельность человечества путем преобразования вещественного и энергетического потенциала окружающей среды в продукт, удовлетворяющий общественную потребность без нарушения естественных параметров биосферы. Предложены ключевые методические компоненты теоретических основ междисциплинарных исследований территориальных социоэколого-экономических систем, которые использует современная наука: энергетический (биосферный), геосистемный, энтропийный, синергетический, квантово-релятивистский подходы и оценки хозяйственной емкости. Данные методические компоненты используются при создании моделей территориальной системы, позволяющей фиксировать потоки вещества, энергии и информации, проигрывать варианты сбалансированного развития с учетом экономического поведения населения.