В работе рассматривается фитоценотическое разнообразие лесных экосистем национального парка «Югыд ва», Печоро-Илычского биосферного заповедника, комплексных и лесных заказников северной и средней тайги Республики Коми. Показано видовое разнообразие растений болотных заказников «Пычимское» и «Угъюм». Определены резервуары углерода органического вещества в лесных экосистемах особо охраняемых природных территорий (ООПТ). Дана оценка эмиссии углекислого газа, метана из почв на ключевых участках лесных и болотных сообществ. Проведен анализ лесных пожаров за последние десять лет и рассчитана пожарная эмиссия углерода в лесах ООПТ. Дан сравнительный анализ роста сосны обыкновенной и сосны скрученной с целью создания углерододепонирующих плантаций. На основе математического моделирования определены тенденции изменения балансов углерода и азота в лесных экосистемах при возможных климатических изменениях.