На основе сопоставления организационных особенностей функционирования научных школ и «незримых колледжей» раскрывается природа ведущих исследовательских центров - институционализированных, но не ограниченных рамками иерархии, тематики и т. п. форм осуществления научно-исследовательской деятельности. Выявлен ряд институтов РАН и высших учебных заведений, на базе которых сложились ведущие центры анализа проблем межтерриториального взаимодействия. Отмечается, что такое взаимодействие может осуществляться как в рамках конструкции «центр-периферия», так и на горизонтальном уровне (при участии примерно равных по статусу территорий). Исследование вертикального типа межтерриториальных отношений рассмотрено на примере работы Института региональной экономики при Удмуртском государственном университете (рук. - д.э.н., профессор К.В. Павлов). Свидетельством эффективности анализа горизонтального типа отношений выступает сложившийся в рамках Института проблем региональной экономики РАН вокруг д.э.н., профессора Б. С. Жихаревича неформальный исследовательский центр, предложивший оригинальную концепцию сочетания сотруенции и соткуренции в системе межтерриториального взаимодействия.