На примере равнинной реки Чапаевка проведен сравнительный анализ методов экологической и санитарной индикации, основанных на оценке микробных сообществ бактерий, фитопланктона и гетеротрофных протестов. Полученные данные могут быть использованы при мониторинговых исследованиях экологического состояния водоемов. Показано, что использование комплексных характеристик для оценки микробиоценоза позволяет точно определить экологическое состояние водоема. Предпочтительнее использовать интегральные функциональные показатели, которые отражают не только качество и степень загрязнения, но и динамику процессов самоочищения водоема.