В условиях развивающегося экономического кризиса происходит существенные изменения состояния и динамики развития социально-экономических систем. Разрушению подвергаются неэффективные организации и сложившиеся межсубъектные связи, на месте которых формируются новые структуры. Это порождает специфику в формировании и в оценке ситуации экономической безопасности. Происходит усиление нелинейных связей между сферами жизнедеятельности и как следствие повышается значимость экономической инфраструктуры в оценке безопасности территории. Возрастают риски, возникающие вследствие появления и деформации критичных инфраструктур в регионе. В статье рассмотрены теоретические и методические основы мониторинга влияния деформации критичных инфраструктур на социально-экономическое положение территории. Исследованы основные факторы влияния и проанализированы взаимосвязи экономической инфраструктуры и сфер жизнедеятельности, с позиции экономической безопасности территории.