Марганцевое месторождение Кызыл-Таш располагается в пределах Ирендыкской структурно-формационной зоны и приурочено к одноименному низкотемпературному палеогидротермальному полю. Вмещающими породами являются красноцветные силициты, залегающие среди вулканогенных пород улутаусской свиты. Руды пространственно и генетически связаны с телом джасперитов и локализуются на флангах постройки. Строение рудных тел характеризуется линзовидно-слоистым распределением главных минеральных агрегатов и латеральной зональностью. Фланги сложены кариопилит-карбонат-тефроитовым агрегатом, кровля - родонит- и кварц-содержащими ассоциациями. Генезис месторождения рассматривается как гидротермально-осадочный.