Оцениваются возможности и готовность регионов и муниципалитетов на инновационной основе модернизировать пространственное развитие РФ использованием системного подхода к выбору приоритетов и программно-проектных институтов рыночного развития. Рассмотрен потенциал отдельных факторов и институтов в системном развитии регионов и территорий, обоснована потребность в программно-проектной модернизации федеративного устройства Российской Федерации. Предложены инновационно направленные институты регионального развития - саморазвитие территорий, бизнесс территории, программно-проектное планирование пространственного развития и др.