Оцениваются возможности и готовность регионов и муниципалитетов по использованию институтов кластерного и программно-проектного управления развитием территорий разного уровня. Рассмотрены их преимущества в системной работе регионов и территорий по модернизации федеральных отношений в Российской Федерации. Обоснованы условия, факторы и институты программно-проектного развития регионов и территорий как объективная потребность обновления федеративных отношений использованием рыночных институтов и инновационных управленческих решений. Предложена модель планово-программно-проектного управления развитием территорий и регионов, определена роль федерального центра в регулировании исследуемых процессов.