В статье оцениваются региональные и муниципальные возможности модернизации пространственного развития РФ. На посткризисном этапе для активизации инновационных процессов и становления социально-ориентированного государства, для «плавного» перехода от региональной политики выравнивания к новому ее типу, соответствующему федеративному устройству страны, требуется не снижение, а повышение наукоемкости принимаемых решений по всем направлениям общественного развития. Автор излагает свое видение идеологии такого перехода и считает, что при выборе приоритетов и институтов развития следует использовать системный подход. Рассмотрен потенциал отдельных факторов, в том числе науки и образования, в системном развитии регионов и территорий, обоснована потребность в программно-проектной модернизации федеративного устройства Российской Федерации. Предложены новые институты регионального развития - саморазвитие регионов и муниципалитетов, бизнес-территории, программно-проектное планирование пространственного развития и др.