В работе рассмотрены теоретические аспекты изучения проблем теневой экономики. Рассмотрены экономические и правовые стороны этого явления. Даны методические положения по диагностике ущерба от функционирования теневой экономики на отраслевом и региональном уровне и ее влиянию на состояние экономической безопасности территории. Согласно разработанной методике проведен анализ структуры ущерба, а также представлена картина экономической безопасности в случае минимизации влияния теневой экономики по территориям, входящим в состав Уральского федерального округа. Проанализировано состояние системы налогообложения и бюджетной политики современной России. Предложена методика оценки потерь бюджетов за счет неоптимального налогообложения, которая апробирована на примере субъектов Российской Федерации, входящих в состав Уральского федерального округа. На основе проведенного анализа авторами предложена концепция минимизации влияния теневой экономики на экономическую безопасность территорий Уральского федерального округа.