Работа посвящена нейтрализации негативного влияния теневой экономики на социально-экономическое развитие региона. Особое внимание уделено ряду проблем, возникающих при выявлении и пресечении теневой экономической деятельности на территории субъектов Федерации, федеральных округов. Представлен ряд методик, позволяющих оценить ущерб от функционирования теневой экономики, а также объем и структуру теневого оборота в регионе. Проведен комплексный анализ ущерба, наносимого теневой экономикой УрФО и его субъектам. Рассмотрены экономико-математические модели теневой экономической деятельности и взаимовлияния теневой и официальной экономической деятельности. На основе проведенного анализа и моделирования разработана научно обоснованная концепция противодействия теневой экономике, состоящая в формировании регулирующих воздействий на хозяйствующие субъекты, дифференцированных в зависимости от степени их вовлечения в теневую экономическую деятельность.